W celu rozpoczęcia pracy z serwisem Sygnalista Online należy najpierw skorzystać z formularza rejestracji/zamówienia. Po opłaceniu zamówienia organizacja ma dostęp do konta konfiguracyjnego.

Z poziomu konta konfiguracyjnego należy ustalić hasło pozwalające na odszyfrowywanie treści zgłoszeń, adres www, pod którym działać będzie formularz zgłoszeniowy firmy (organizacji), rozpatrywanie zgłoszeń anonimowych (tak/nie), terminy rozpatrywania zgłoszeń, a także konta osób rozpatrujących zgłoszenia(uprawnieni Użytkownicy), które można przypisać do konkretnych kategorii zgłoszeń zgodnych z Dyrektywą. Oprócz zdefiniowania formy działania aplikacji i możliwości składania zgłoszeń, na podstawie ustawień konta konfiguracyjnego możliwe będzie wygenerowanie dowolnych dokumentów .

Sam formularz składania zgłoszeń, zgodnie z wymogami Dyrektywy jest przejrzysty i zachęca do składania zgłoszeń. Zawiera pola dotyczące danych Sygnalisty (jeśli zgłoszenie nie będzie anonimowe), kategorię zgłoszenia, treść zgłoszenia, możliwość dodania załączników, zabezpieczenia antyspamowe. Po dokonaniu zgłoszenia Sygnaliście wygenerowane zostaje potwierdzenia w formacie pdf, zabezpieczone zdefiniowanym przez siebie hasłem. W tym dokumencie wygenerowany zostanie także klucz umożliwiający dostęp do informacji o działaniach następczych (jeśli zgłoszenie nie będzie anonimowe)Każdy dostęp do zgłoszenia jak odczyt, dodanie informacji, podgląd danych Sygnalisty odnotowywany jest w dzienniku danego zgłoszenia. Serwis będzie przypominać Administratorowi oraz Użytkownikom uprawnionym do rozpatrywania zgłoszeń o zbliżających się terminach, określonych w ustawieniach oraz procedurze. System nie zapisuje danych dotyczących adresu IP Sygnalisty, przeglądarki, ani żadnych innych danych dotyczących Sygnalisty, oprócz danych przez niego przekazanych.